Hoed 25-110 mm, halfbolvormig tot gewelfd, geheel egaal grijsbruin tot donkerbruin, heel fijn viltig bijna glad. Buisjes buikig, geelwit dan grijs met roze gloed; poriën ongeveer 0,5-1 mm doorsnee, rond, grijzig wit, bruin vlekkend. Steel 45-150 x 9-25 mm, naar voet verbreed, bleek bruin tot grijsachtig wit, geheel bedekt met afstekende, kleine, bruine, dan bijna zwarte schubjes, vaak in lengterijen. Vlees grijswit, vaak iets roze aanlopend bij doorsnijden in de hoed en het bovenste deel van de steel, soms blauwgroen verkleurend in het onderste deel van de steel. Smaak mild. Geur onbeduidend. Sporen (13)13.5-17 x 5,0-6,5(-7,5) μm, Q = 2,3-3,1 (-3,4), Qav = 2,8-2,9, spoelvormig tot subcilindrisch. Hoedhuid een cutis bestaande uit lange, cilindrische elementen, zonder cilindrocysten (korte cilindrische elementen die gemakkelijk losbreken en in het preparaat gaan zwerven).

Zoals de naam zegt, is deze soort over het algemeen wat kleiner en slanker dan de andere soorten berkenboleten. De verkleuring van het vlees is niet altijd zo sterk en dan is het verschil met de Gewone berkenboleet niet gemakkelijk te maken, maar die groeit normaal gesproken op drogere standplaatsen. De Bonte berkenboleet heeft een gevlekte hoed, een hoedrand die over de buisjes heen hangt, en een hoedhuid met korte elementen (cilindrocysten).